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Guia de Instalação FLUKA e Flair

Este guia de instalação foi criado com base nos guias de instalação do próprio CERN no site oficial do FLUKA - https://fluka.cern/

Para baixar os arquivos do FLUKA, é necessário criar um cadastro no sistema do CERN utilizando um email institucional e aguardar a aprovação pelo CERN, o que pode demorar alguns dias. Portanto, recomendamos que esse passo seja realizado o quanto antes!

Caso tenham dificuldades na instalação, podem contactar os responsáveis pelo curso:


Registro para Baixar o FLUKA

Para possibilitar o download dos arquivos do FLUKA, é necessário fazer um registro no CERN, como explicado na página de registro - https://fluka.cern/download/registration.

Criar uma conta no site do CERN

Ao clicar em algum link de arquivo do FLUKA, ou simplesmente em "Sing in" no topo superior da página oficial, você será redirecionado para uma página de registro.

Nesta você pode se registrar clicando no botão "External email - Guest access", na seção "Sign in with your email or organisation", e em seguida clicando no link "Register".

Preencher o formulário de usuário do FLUKA

Após criar uma conta e acessar ela, você deverá preencher um formulário de usuário do FLUKA - https://fluka.cern/download/registration/fluka-user-registration-form -, onde deverá especificar a sua afiliação com alguma instituição e o seu interesse de uso para o FLUKA.

Seu registro deverá ser aprovado dentro de alguns dias após realizar essas duas etapas corretamente, assim como a permissão de acesso para baixar os arquivos no site do FLUKA.


Instalação do FLUKA e Flair - Sistema Windows

Vídeo de Instalação do FLUKA

https://youtu.be/tTCbczjtuhk

Passo a Passo de Instalação

Windows Subsystem for Linux (WSL)

Para possibilitar a instalação do FLUKA no Windows, é necessário um WSL para permitir executar binários e scripts em Linux diretamente no Windows. Assim, abra o PowerShell como administrador e rode o comando:

Enable-WindowsOptionalFeature -Online -FeatureName Microsoft-Windows-Subsystem-Linux

Em seguida reinicie o computador, como possivelmente será requisitado pela própria máquina.

Após reiniciar, vá para a Microsoft Store, procure e baixe o Ubuntu na versão "Ubuntu 20.04" ou "Ubuntu 22.04".

Abra o Ubuntu baixado para iniciar a instalação do mesmo. Em seguida, ele irá requisitar a criação de um nome de usuário e uma senha.

Instalar XServer

Instale um XServer de sua preferência. Dois recomendados no site oficial do FLUKA são o Xming e o MobaXTerm

Utilizando o Xming como exemplo, abra o link acima, clique no link da versão "Public Domain Release" e baixe a última versão. E assim que baixar, rode o executável e complete a instalação.

Para rodar o Xming, abra o aplicativo "XLaunch" no menu do Windows. Selecione as configurações de display e inicialização de sua preferência, e nas configurações específicas selecione a opção "No Access Control".

Toda vez que você for abrir o Flair, será necessário abrir o XServer.

Instalação do Flair

Para instalar o Flair, baixe o arquivo setup_wsl.sh e o coloque em uma pasta da sua máquina Ubuntu. As pastas do Windows, incluindo a pasta de Downloads, podem ser acessadas via o terminal do Ubuntu na pasta "/mnt". Assim, abrindo o terminal do Ubuntu, rode o comando:

cd /mnt

e com o comando

ls

já é possível ver a pasta com a letra do disco rígido da sua máquina Windows, assim como também é possível acessá-la com o comando cd.

Estando na localização do arquivo baixado, dê permissões para o arquivo com o comando:

chmod 777 setup_wsl.sh

e rode o arquivo como super usuário:

sudo ./setup_wsl.sh

Assim o script irá instalar os pacotes necessários para rodar o Flair.

Instalação do FLUKA

Entrar na página oficial do FLUKA, clicar no link da última versão do código - https://fluka.cern/download/latest-fluka-release -, e baixar o arquivo de extensão .deb da versão gfortran9.

Após, se dirija até a pasta onde o arquivo foi baixado com o comando cd, possivelmente na localização "/mnt/<driver>/Users/<usuario_windows>/Downloads/", onde "<driver>" representa a letra de driver da sua máquina e "<usuario_windows>" o nome de usuário da sua máquina Windows. E mova o arquivo para sua pasta principal do Ubuntu, "/home/<usuario_ubuntu>/" com o comando:

mv fluka-...-gforXX_amd64.deb /home/<usuario_ubuntu>/

onde "fluka-...-gforXX_amd64.deb" representa o nome do arquivo baixado e "<usuario_ubuntu>" o nome de usuário criado por você durante a instalação do Ubuntu. 

Após, vá para a sua home:

cd /home/<usuario_ubuntu>/

Ative o terminal como super usuário com o comando

sudo su

ele irá pedir sua senha do ubuntu criada durante a instalação. E como super usuário instale o fluka com o comando:

dpkg -i fluka-...-gforXX_amd64.deb

onde "fluka-...-gforXX_amd64.deb" representa o nome do arquivo baixado. Após finalizar a instalação, feche o terminal e abra de novo para "reiniciar" o ubuntu e completar a instalação.

Primeiro acesso ao Flair

Para rodar o Flair, primeiro abra o XServer, como explicado na subseção "Instalar XServer" acima. Em seguida abra o terminal do Ubuntu, ative o super usuário com o comando

sudo su

e como super usuário abra o Flair com o comando 

flair

Ao abrir, o Flair ira mostrar uma mensagem de aviso que não encontrou a pasta de instalação do FLUKA. Para corrigir, clique nas configuração (símbolo com uma chave de fenda e uma chave de boca cruzadas em X), clique na aba "Fluka" e altere o local da configuração "Fluka Directory" para a localização correta da pasta bin da instalação do FLUKA, possivelmente está está na "/usr/local/fluka/bin".

Após pode-se fazer um teste de instalação, como explicado em uma seção abaixo.


Instalação do FLUKA - Sistema Ubuntu

Vídeo de Instalação do FLUKA

 https://youtu.be/1AT7hl-ijUc

Passo a Passo de Instalação

Baixar os arquivos do FLUKA

Entrar na página oficial do FLUKA, https://fluka.cern/download/latest-fluka-release , e baixar o arquivo de extensão .tgz com a devida versão de gfortran da sua máquina.

Descompacte os arquivos .tgz

Abra um terminal e entre como super usuário com o comando

sudo su

seguido da sua senha da máquina, e descompacte os arquivos com o comando

tar -xvf <caminho para o arquivo .tgz>

Isso criará um novo diretório contendo a distribuição FLUKA. Daqui em diante, esse novo diretório é referido como /caminhofluka/.

Caminho ao repositório

É conveniente adicionar o diretório onde os executáveis ​​FLUKA e os utilitários de pós-processamento estão localizados (/caminhofluka/bin) à variável de ambiente PATH. Isso evita digitar o caminho completo toda vez que executa os scripts FLUKA.

Para adicionar esses caminhos, devemos alterar o arquivo /etc/bash.bashrc, é possível com o comando

nano /etc/bash.bashrc

Nele, adicionamos o caminho dos arquivos executáveis do FLUKA com a linha de código

export PATH=$PATH:/pathtofluka/bin

Clicando em Ctrl+x salvamos o arquivo e podemos seguir para a instalação.

Instalação

O FLUKA pode então ser instalado digitando:

cd /caminhofluka/src/ 
make

Isso cria os executáveis ​​FLUKA padrão (fluka e flukadpm) e os programas auxiliares no diretório /caminhofluka/bin.


Instalação Flair - Sistema Ubuntu

Vídeo de Instalação do Flair

https://youtu.be/tDa0U1jDso8

Passo a Passo de instalação

Instale a chave do repositório público

Abra o terminal e instale a chave com o comando

wget -q -O - https://flair.web.cern.ch/flair/download/ubuntu/flair.gpg | sudo tee /etc/apt/trusted.gpg.d/flair.asc

Nota: Se você estiver recebendo mensagens de AVISO do comando apt, como

W: ... Key is stored in legacy trusted.gpg keyring (/etc/apt/trusted.gpg), see the DEPRECATION section in apt-key(8) for details.

Você precisa remover a chave flair anterior com o comando:

sudo apt-key del "ADEE 61A6 5BAC D490 AE5A 9268 586B 734C 48EF 36D5"

e reinstale-o com o comando wget acima

Instale o repositório.

Atualmente o Flair é oferecido para as versões de Ubuntu 18.04, 20.04, 22.04 e 22.10. Assim instale a chave com o comando referente à sua versão

  • 22.10 
    sudo add-apt-repository 'deb [arch=all,amd64] https://cern.ch/flair/download/ubuntu/22.10 /'
  • 22.04 LTS 
    sudo add-apt-repository 'deb [arch=all,amd64] https://cern.ch/flair/download/ubuntu/22.04 /'
  • 20.04 LTS 
    sudo add-apt-repository 'deb [arch=all,amd64] https://cern.ch/flair/download/ubuntu/20.04 /'
  • 18.04 LTS 
    sudo add-apt-repository 'deb [arch=all,amd64] https://cern.ch/flair/download/ubuntu/18.04 /'

Instale o Flair

Digite o comando

sudo apt install flair

e o Flair juntamente com todas as suas dependências serão instaladas (incluindo flair-geoviewer, dicom etc...). O atualizador do sistema irá notificá-lo sobre novas versões.

Atualizar o sistema

Atualize o sistema para garantir que sua versão do Flair é a mais recente com o comando

sudo apt update

sudo apt upgrade

Primeiro acesso ao Flair

Para rodar o Flair, abra o terminal, ative o super usuário com o comando:

sudo su

e como super usuário abra o Flair com o comando:

flair

Ao abrir, o Flair ira mostrar uma mensagem de aviso que não encontrou a pasta de instalação do FLUKA. Para corrigir, clique nas configuração (símbolo com uma chave de fenda e uma chave de boca cruzadas em X), clique na aba "Fluka" e altere o local da configuração "Fluka Directory" para a localização correta da pasta bin da instalação do FLUKA, possivelmente está está na "/usr/local/fluka/bin".

Após pode-se fazer um teste de instalação, como explicado na seção abaixo.


Teste da instalação

Vídeo de Teste da Instalação com o Flair

https://youtu.be/hiziXoIs8Io 

Passo a Passo com a Rotina do CERN

faça o download dos dois arquivos a seguir:

Certifique-se de que check_fluka.sh tenha permissões executáveis:

chmod u+x check_fluka.sh

Abra um terminal, navegue até o diretório onde você baixou os arquivos acima e execute o seguinte comando:

./check_fluka.sh

Se as instalações do FLUKA e do Flair estiverem corretas, você verá a seguinte mensagem na tela:

 

================================================================================ 
                       Congratulations all tests passed                         
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However this doesn't mean that everything is functioning properly 
Start flair, verify that the output doesn't contain any error or warning message 
Create a small input, run and plot the results :)